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Enregistrement W2289147497 · doi:10.1016/j.neurobiolaging.2016.02.024

Assessment of the genetic variance of late-onset Alzheimer's disease

2016· article· en· W2289147497 sur OpenAlexfundno aff
Perry G. Ridge, Kaitlyn B. Hoyt, Kevin L. Boehme, Shubhabrata Mukherjee, Paul K. Crane, Jonathan L. Haines, Richard Mayeux, Lindsay A. Farrer, Margaret A. Pericak‐Vance, Gerard D. Schellenberg, John S. K. Kauwe, Perrie M. Adams, Marilyn S. Albert, Roger L. Albin, Liana G. Apostolova, Steven E. Arnold, Sanjay Asthana, Craig Atwood, Clinton T. Baldwin, Robert C. Barber, M. Michael Barmada, Lisa L. Barnes, Sandra Barral, Thomas G. Beach, James T. Becker, Gary W. Beecham, Duane Beekly, David A. Bennett, Eileen H. Bigio, Thomas D. Bird, Deborah Blacker, Bradley F. Boeve, James D. Bowen, Adam Boxer, James R. Burke, Jeffrey M. Burns, Joseph D. Buxbaum, Nigel J. Cairns, Laura B. Cantwell, Chuanhai Cao, Chris Carlson, Cynthia M. Carlsson, Regina M. Carney, Minerva M. Carrasquillo, Steven L. Carroll, Helena C. Chui, David G. Clark, Jason J. Corneveaux, David H. Cribbs, Elizabeth Crocco, Carlos Cruchaga, Philip L. De Jager, Charles DeCarli, F. Yesim Demirci, Malcolm Dick, Dennis W. Dickson, Rachelle S. Doody, Ranjan Duara, Nilüfer Ertekin‐Taner, Denis A. Evans, Kelley Faber, Thomas Fairchild, Kenneth B. Fallon, David W. Fardo, Martin R. Farlow, Steven H. Ferris, Tatiana M. Foroud, Matthew P. Frosch, Douglas Galasko, Marla Gearing, Daniel H. Geschwind, Bernardino Ghetti, John R. Gilbert, Alison Goate, Neill R. Graff‐Radford, Robert C. Green, John H. Growdon, Håkon Håkonarson, Ronald L. Hamilton, Kara L. Hamilton‐Nelson, John Hardy, Lindy E. Harrell, Lawrence S. Honig, Ryan Huebinger, Matthew J. Huentelman, Christine M. Hulette, Bradley T. Hyman, Gail P. Jarvik, Gregory A. Jicha, Lee‐Way Jin, Gyungah Jun, M. Ilyas Kamboh, Anna Karydas, Mindy J. Katz, Ronald Kim, Neil W. Kowall, Joel H. Kramer, Walter A. Kukull, Brian W. Kunkle, Frank M. LaFerla, James J. Lah, Eric B. Larson, James B. Leverenz, Allan I. Levey, Ge Li, Andrew P. Lieberman, Chiao‐Feng Lin, Richard B. Lipton, Oscar L. López, Kathryn L. Lunetta, Constantine G. Lyketsos, Wendy J. Mack, Daniel Marson, Eden R. Martin, Frank Martiniuk, Deborah C. Mash, Eliezer Masliah, Wayne C. McCormick, Susan M. McCurry, Andrew McDavid, Ann C. McKee, Marsel Mesulam, Bruce L. Miller, Carol A. Miller, Joshua W. Miller, Thomas J. Montine, John C. Morris, Jill R. Murrell, Amanda Myers, Adam C. Naj, Sid E. O’Bryant, John Olichney, V. Shane Pankratz, Joseph E. Parisi, Amanda Partch, Henry L. Paulson, William Perry, Elaine R. Peskind, Ronald Petersen, Aimee Pierce, Wayne W. Poon, Huntington Potter, Joseph F. Quinn, Ashok Raj, Murray A. Raskind, Eric M. Reiman, ‌Barry Reisberg, Joan Reisch, Christiane Reitz, John M. Ringman, Erik D. Roberson, Ekaterina Rogaeva, Howard J. Rosen, Roger N. Rosenberg, Donald R. Royall, Mark A. Sager, Mary Sano, Andrew J. Saykin, Julie A. Schneider, Lon S. Schneider, William W. Seeley, Amanda Smith, Joshua A. Sonnen, Salvatore Spina, Peter St George‐Hyslop, Robert A. Stern, Russell H. Swerdlow, Rudolph E. Tanzi, Tricia A. Thornton‐Wells, John Q. Trojanowski, Juan C. Troncoso, Debby W. Tsuang, Otto Valladares, Vivianna M. Van Deerlin, Linda J. Van Eldik, Badri N. Vardarajan, Harry V. Vinters, Jean Paul Vonsattel, Li-San Wang, Sandra Weıntraub, Kathleen A. Welsh‐Bohmer, Jens R. Wendland, Kirk C. Wilhelmsen, Jennifer Williamson, Thomas S. Wingo, Ashley R. Winslow, Sarah Wishnek, Randall L. Woltjer, Clinton B. Wright, Chuang‐Kuo Wu, Steven G. Younkin, Chang‐En Yu, Lei Yu

Notice bibliographique

RevueNeurobiology of Aging · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAlzheimer's disease research and treatments
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesJanssen Research and DevelopmentNational Center for Research ResourcesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of Mental HealthNational Institute on AgingGenentechAlzheimer's Drug Discovery FoundationNational Institutes of HealthH. Lundbeck A/SGE HealthcareUniversitat de BarcelonaFujirebio EuropeMedical Research CouncilServierCanadian Institutes of Health ResearchStichting MS ResearchNewcastle UniversityHigher Education Funding Council for EnglandNational Association for Colitis and Crohn's DiseaseNorth Bristol NHS TrustBanner Alzheimer’s FoundationNorthern California Institute for Research and EducationIXICOTakeda Pharmaceutical CompanyBiogenPfizerBioClinicaAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeBiomedical Laboratory Research and Development, VA Office of Research and DevelopmentU.S. Department of DefenseBRACEF. Hoffmann-La RocheU.S. Department of Veterans AffairsUniversity of PennsylvaniaWellcome TrustEisaiUniversity of Southern CaliforniaHersenstichtingEli Lilly and CompanyBrigham Young UniversityAbbVieUniversity of California, San DiegoOffice of Research and DevelopmentMerckGlaxoSmithKlineNational Center for Advancing Translational SciencesNovartis Pharmaceuticals CorporationWellcomeAlzheimer's AssociationNational Cancer InstituteLundbeckfondenAlzheimer's Research TrustBristol-Myers SquibbHoward Hughes Medical InstituteNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Human Genome Research InstituteJohnson and JohnsonMeso Scale Diagnostics
Mots-clésSingle-nucleotide polymorphismBiologyTREM2Genetic architectureGenetic variationGeneticsGenome-wide association studyPhenotypeGenetic associationExplained variationGenotypeGeneReceptorStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Alzheimer's disease (AD) is a complex genetic disorder with no effective treatments. More than 20 common markers have been identified, which are associated with AD. Recently, several rare variants have been identified in Amyloid Precursor Protein (APP), Triggering Receptor Expressed On Myeloid Cells 2 (TREM2) and Unc-5 Netrin Receptor C (UNC5C) that affect risk for AD. Despite the many successes, the genetic architecture of AD remains unsolved. We used Genome-wide Complex Trait Analysis to (1) estimate phenotypic variance explained by genetics; (2) calculate genetic variance explained by known AD single nucleotide polymorphisms (SNPs); and (3) identify the genomic locations of variation that explain the remaining unexplained genetic variance. In total, 53.24% of phenotypic variance is explained by genetics, but known AD SNPs only explain 30.62% of the genetic variance. Of the unexplained genetic variance, approximately 41% is explained by unknown SNPs in regions adjacent to known AD SNPs, and the remaining unexplained genetic variance outside these regions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations255
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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