Molecular phylogenetic analyses of tissue coccidia (sarcocystidae; apicomplexa) based on nuclear 18s RDNA and mitochondrial COI sequences confirms the paraphyly of the genus Hammondia
Notice bibliographique
Résumé
SUMMARY Partial mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (mt COI) sequences were generated from: Toxoplasma gondii (strains CTG, GTI, MAS, ME49, PTG, TgCatBr5, TgCat, Br64, TgCgCal, TgToucan); Neospora caninum (Strain NC1); Hammondia hammondi (Strain H.H–20); H. heydorni; H . cf. triffittae; Cystoisospora felis; C. suis; C. canis; C. rivolta; C . cf. ohioensis; Caryospora bigenetica; Sarcocystis rileyi ; and S. neurona . Nuclear 18S rDNA sequences were generated for H. heydorni, H. hammondi, C. suis, C. canis, C. felis, C. rivolta, C . cf. ohioensis, S. neurona , and S. rileyi . Aligned, concatenated 18S rDNA and COI sequences were Bayesian analysed using partitioned nucleotide substitution models [HKY + I + G for 18S; GTR + I + G codon (code = metmt) for COI]. Phylogenetic hypotheses supported a monophyletic Sarcocystidae and its subfamilie with two major clades within the Toxoplasmatinae: (1) a monophyletic clade of Cystoisospora spp. with Nephroisospora eptesici ; and (2) a clade of Toxoplasma, Neospora and Hammondia . Within the latter, Hammondia was shown to be paraphyletic; H. heydorni and H. triffittae were monophyletic with N. caninum [canine definitive hosts (DHs)], whereas H. hammondi was monophyletic with T. gondii (feline DHs). A new genus is erected to resolve the paraphyly of the genus Hammondia confirmed using mt COI and combined 18S/COI sequence datasets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».