Copy number variation of testis‐specific protein Y‐encoded (TSPY) among different breeds of cattle (Bos taurus) and related individuals
Notice bibliographique
Résumé
Multi‐copied gene families are prevalent in mammalian genomes especially within the Y chromosome. Gene copy number variation can impact phenotype and is becoming more appreciated as a source of global variation. Testis specific protein Y‐encoded (TSPY) is present in variable copy number in many mammalian species. Cattle, for example, have copies numbers ranging from 50‐200. The purpose of this study was to investigate the extent to which TSPY copy number varies among bulls, between different breeds of cattle and between related (step‐brother) bulls. To investigate TSPY copy number we used relative real time polymerase chain reaction (PCR) to analyze the DNA of fourteen different cattle breeds and four sons of a single sire. The results showed variation both between and within breeds. Brown Swiss (161 copies, CI = 133‐195) had significantly higher levels of TSPY and Western Fjord (65 copies, CI = 45‐86) had significantly lower levels than some breeds, although most breeds had similar average TSPY copy numbers. All bulls showed within‐breed variation. The TSPY copy numbers of the sons ranged from 55‐75 copies and were found to differ significantly. These results show that copy number variation of TSPY can be seen within a single generation. This study demonstrates that copy number variation of TSPY is extensive in the bovine population; however, the purpose of this variation still remains a mystery. (Funded by CRC & NSERC)
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».