Abstract 531: Mutagenic Gene Trapping to Study Novel Genes in Zebrafish Cardiovascular Development
Notice bibliographique
Résumé
The zebrafish has emerged as an excellent model for cardiovascular research thanks to its ex-utero and rapid embryonic development, its embryonic transparent nature, and its capacity to survive in the absence of a functional cardiovascular system during the first week of development, which enables functional characterization of mutations that would otherwise induce lethality in traditional murine models. The aim of this project is to identify and characterize novel genes involved in zebrafish cardiovascular development using mutagenic gene trapping, a technique that generates random insertional mutations across the genome. We use the well-defined RP2 gene-breaking transposon system, which not only mutates, but also fluorescently tags the trapped gene product(s) (Clark, Nat Methods, 2011). RP2 also introduces loxP sites into the mutant locus, which can be used for Cre-mediated phenotype rescue by microinjection of Cre recombinase, or by crossing to tissue-specific Cre lines. From over 3000 RP2-injected embryos, 141 fish showed germline transmission. Among them, 51 expressed strong fluorescence in different tissues, including the heart, vessels, notochord, central nervous system (CNS), and eyes. Three cardiovascular lines were selected for phenotypic characterization and functional studies. RP2#C2 strain expressed fluorescence in the heart valves, CNS, eyes and pectoral fin buds. Inverse PCR in RP2#C2 demonstrated a trapped gene at meis4.1a, which encodes a homeobox transcription factor that has not been previously studied in zebrafish. RP2#121 strain expressed strong fluorescence in cardiac and skeletal muscles. RP2#91 strain showed expression in the vasculature and demonstrated a trapped gene at pdgfra. Homozygous RP2#91 mutants showed severe defects in the heart, blood flow, and other body parts including the head and musculature. We are currently creating a panel of tissue-specific Cre lines targeting tissues such as cardiomyocytes, endothelial cells and smooth muscle cells for spatiotemporal rescuing of the mutant phenotype. The generated zebrafish protein-trap lines are invaluable tools to annotate gene function, dissect the molecular mechanisms of cardiovascular development, and potentially serve as disease models.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».