Re-refinement of the spliceosomal U4 snRNP core-domain structure
Notice bibliographique
Résumé
The core domain of small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), comprised of a ring of seven paralogous proteins bound around a single-stranded RNA sequence, functions as the assembly nucleus in the maturation of U1, U2, U4 and U5 spliceosomal snRNPs. The structure of the human U4 snRNP core domain was initially solved at 3.6 Å resolution by experimental phasing using data with tetartohedral twinning. Molecular replacement from this model followed by density modification using untwinned data recently led to a structure of the minimal U1 snRNP at 3.3 Å resolution. With the latter structure providing a search model for molecular replacement, the U4 core-domain structure has now been re-refined. The U4 Sm site-sequence AAUUUUU has been shown to bind to the seven Sm proteins SmF-SmE-SmG-SmD3-SmB-SmD1-SmD2 in an identical manner as the U1 Sm-site sequence AAUUUGU, except in SmD1 where the bound U replaces G. The progression from the initial to the re-refined structure exemplifies a tortuous route to accuracy: where well diffracting crystals of complex assemblies are initially unavailable, the early model errors are rectified by exploiting preliminary interpretations in further experiments involving homologous structures. New insights are obtained from the more accurate model.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».