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Enregistrement W2302952300 · doi:10.1101/044859

FOSSIL CALIBRATIONS FOR THE ARTHROPOD TREE OF LIFE

2016· preprint· en· W2302952300 sur OpenAlexaboutno aff
Joanna M. Wolfe, Allison C. Daley, David Legg, Gregory D. Edgecombe

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueFossil Insects in Amber
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of OxfordSimons Foundation
Mots-clésArthropodEcologyBiologyTree of life (biology)Molecular clockEvolutionary biologyPaleontologyGeographyPhylogenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Fossil age data and molecular sequences are increasingly combined to establish a timescale for the Tree of Life. Arthropods, as the most species-rich and morphologically disparate animal phylum, have received substantial attention, particularly with regard to questions such as the timing of habitat shifts (e.g. terrestrialisation), genome evolution (e.g. gene family duplication and functional evolution), origins of novel characters and behaviours (e.g. wings and flight, venom, silk), biogeography, rate of diversification (e.g. Cambrian explosion, insect coevolution with angiosperms, evolution of crab body plans), and the evolution of arthropod microbiomes. We present herein a series of rigorously vetted calibration fossils for arthropod evolutionary history, taking into account recently published guidelines for best practice in fossil calibration. These are restricted to Palaeozoic and Mesozoic fossils, no deeper than ordinal taxonomic level, nonetheless resulting in 80 fossil calibrations for 102 clades. This work is especially timely owing to the rapid growth of molecular sequence data and the fact that many included fossils have been described within the last five years. This contribution provides a resource for systematists and other biologists interested in deep-time questions in arthropod evolution. ABBREVIATIONS AMNH American Museum of Natural History AMS Australian Museum, Sydney AUGD University of Aberdeen BGR Bundesanstalt fur Geowissenschaften und Rohstoffe, Berlin BMNH The Natural History Museum, London CNU Key Laboratory of Insect Evolutionary &amp; Environmental Change, Capital Normal University, Beijing DE Ulster Museum, Belfast ED Ibaraki University, Mito, Japan FMNH Field Museum of Natural History GMCB Geological Museum of China, Beijing GSC Geological Survey of Canada IRNSB Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique, Brussels KSU Kent State University Ld Musee Fleury, Lodeve, France LWL Landschaftsverband Westfalen-Lippe-Museum fur Naturkunde, Munster MACN Museo Argentino de Ciencias Naturales, Buenos Aires MBA Museum fur Naturkunde, Berlin MCNA Museo de Ciencias Naturales de Alava, Vitoria-Gasteiz, Alava, Spain MCZ Museum of Comparative Zoology, Harvard University MGSB Museo Geologico del Seminario de Barcelona MN Museu Nacional, Rio de Janeiro MNHN Museum national d'Histoire naturelle, Paris NHMUK The Natural History Museum, London NIGP Nanjing Institute of Geology and Palaeontology NMS National Museum of Scotland OUM Oxford University Museum of Natural History PBM Palaobotanik Munster PIN Paleontological Institute, Moscow PRI Paleontological Research Institution, Ithaca ROM Royal Ontario Museum SAM South Australian Museum, Adelaide SM <jats:de

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,037
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,038

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,037
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0080,006
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0110,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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