Abstract 2975: Two putative founder MSH6 mutations associated with inherited cancer susceptibility in Ashkenazi Jewish population
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Inherited mutations in DNA mismatch-repair genes are the cause of several cancers associated with Lynch syndrome. The most common mutations affect MLH1 and MSH2 genes, while the MSH6 gene is less commonly involved. Furthermore, MSH6 mutations have been observed to result in an attenuated form of the syndrome. We report here case-control studies of two putative MSH6 founder mutations in the Ashkenazi Jewish (AJ) population. Methods Case-control studies were performed using DNA extracted from the blood of individuals of AJ descent presenting cancers compatible with Lynch syndrome and AJ individuals unaffected by cancer as controls. The DNA samples were screened for the presence of the two mutations in exon 9. The frequency of the mutations and the range of malignancies were analyzed. Results Among 2104 population-based AJ colorectal cancer cases (CRC), 8 carried a 4 bp duplication mutation, c.3984_3987dupl (0.38%), and 3 carried a 4 bp deletion mutation, c.3959_3962del (0.14%), in the exon 9 of the MSH6 gene. In comparison, 1 duplication (0.06%) and no deletions were observed in 1813 control individuals. The odds ratio for the c.3984_3987dupl and the c.3959_3962del in this population are OR = 8.64 (exact 95%CI 1.23-375, Fisher's exact test two-sided P = 0.04) and OR = NA, P = 0.25, respectively. Notably, the one control found to carry the duplication was, during the course of follow-up, diagnosed with both cecal and endometrial cancer. In a hospital-based series of 78 CRC, one individual carried the deletion, but no duplications were seen. Among 136 hospital-based AJ endometrial cancer cases, 2 carried the duplication, leading to an OR of 27.0 (95%CI: 1.39-1596, P = 0.014) when compared with the 1813 controls. In a series of 61 hospital-based AJ pancreas cancer cases, no duplication carriers were seen, but 1 individual carried the deletion (OR NA, P = 0.033). Notably, this individual developed 3 independent primary cancers - pancreas cancer, CRC and rhabdomyosarcoma. Testing for microsatellite instability and loss of MSH6 protein is in progress in these samples. Conclusion These rare, probable founder, MSH6 truncating mutations reported here are of great importance for the screening, genetic counseling and follow-up of Ashkenazi Jewish families presenting malignant tumors compatible with Lynch syndrome. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 2975.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».