Abstract 4870: High-throughput proteomics using stable isotope labelling with amino acids in cell culture (SILAC) reveals potential modulators of androgen-independent prostate cancers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Prostate cancer is the most common malignancy and the second leading cause of cancer related deaths in men. One common treatment is androgen-deprivation therapy, which reduces symptoms in most patients. However, over time patients develop tumours that are androgen-independent and ultimately fatal. The mechanisms that cause this transition remain largely unknown, and as a result, there are no effective treatments against androgen-independent prostate cancer. As a model for androgen-independence, we used the LNCaP cell line which is naturally androgen-dependent grown in androgen depleted conditions for a 6 month period to generate the androgen-independent cell line LNCaP-SF. Preliminary experiments showed that the LNCaP-SF cell line had higher proliferation/viability rates in androgen-depleted conditions, and had increased expression of the androgen receptor protein, a key modulator in prostate cancer progression. Our next goal was to assess to differential global protein expression as well as differential expression of secreted proteins from each of the two cell lines. To identify differentially expressed proteins, we utilized Stable Isotope Labelling with Amino Acids in Cell Culture (SILAC) coupled to mass spectrometry. LNCaP cells were labelled in growth media containing light-Arg/Lys whereas LNCaP-SF was labelled in heavy Arg-Lys media. After proteomic analysis, we were able to quantify 3355 proteins with at least one peptide hit. From these proteins, using stringent criteria, 99 and 82 proteins were found to be up-regulated and down-regulated respectively, in LNCaP-SF cells compared to LNCaP cells. Using various bioinformatics tool, we found that genes involved in fatty acid degradation and ketogenesis as important pathways that with over-expressed in LNCaP-SF cells. We performed qPCR validation of genes involved in each of these pathways and found that LNCaP-SF cells generally had an increase in the expression of many these genes, compared to LNCaP cells. These preliminary results show that genes involved in fatty acid degradation and ketogenesis pathways could serve as potential biomarkers for androgen-independent prostate cancer. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 4870. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-4870
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».