Amplifying long transcripts of ryanodine receptors of five agricultural pests by transcriptome analysis and gap filling
Notice bibliographique
Résumé
Ryanodine receptor (RyR) is an intracellular calcium release channel that plays a key role in excitation contraction coupling. Insect RyR is the target of diamide insecticides. Better understanding of insect RyR is necessary for studying the molecular mode of action and potential resistance mechanism of diamide insecticides. However, molecular manipulation of the full RyR gene is difficult because of its length (approximately 15 kb). At present, RyR genes have been reported only in a limited number of insects. Here, we developed an efficient strategy to amplify full-length transcripts of insect RyR genes. First, we searched the transcriptomes of five insects, Bemisia tabaci, Cnaphalocrocis medinalis, Chilo suppressalis, Laodelphgax striatellus, and Plutella xylostella, yielding 85 RyR contigs in total. Second, the relative positions of these contigs in RyR transcripts were determined by aligning them with 12 well-annotated RyRs. Third, we designed primers to fill gaps between contigs and used rapid amplification of cDNA ends (RACE) to amplify both 5'- and 3'-ends. Last, we assembled all fragments into long transcripts. As a result, full-length transcripts of three insects, C. suppressalis, L. striatellus, and P. xylostella, were obtained. The RyR transcript of B. tabaci was near full length, containing an intact ORF. Northern blot analysis indicated that RyR genes were expressed in all five insects. Sequence analyses showed that the amplified insect segments contained typical RyRs characteristics, such as EF-hand, motif GVRAGGGIGD, and six transmembrane domains. Seven lepidopteran-specific amino acid residues were found to be located in the C-terminal region of RyR proteins, which might be associated with the specificity of RyRs to diamide insecticides.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».