The Expression Analysis of Hexokinase 1 Gene in the Pumwani Commercial Sex Worker Cohort, Nairobi, Kenya
Notice bibliographique
Résumé
Background: Altered susceptibility to HIV-1 infection has been observed in a commercial sex worker (CSW) cohort in Nairobi, Kenya, where a subset of women are classified as HIV-1 exposed yet seronegative (HESN). A gene expression analysis conducted showed differential regulation of the glycolysis/gluconeogenesis pathway in HESN CSWs. The first and potentially critical regulatory step in glucose metabolism is its entry into lymphocytes, where glucose binds to Hexokinase-1 that prevents it from leaking out. Together with the Glucose Transporter 1, Hexokinase-1 regulates the first rate-limiting steps of the entire glucose metabolism by phosphorylating glucose into glucose-6-phosphate, which is the starting material for glycolysis. \n \nMethods: The study population was randomly selected from the Pumwani Sex Worker Cohort, Nairobi including: HIV highly exposed yet seronegative (HESNs) CSWs (>7 years); newly enrolled HIV-uninfected (<3 years) CSWs, 85% of whom would likely seroconvert to HIV-1 positive; and lowly-exposed HIV negative antenatal clinic attendees with low exposure to HIV. Total RNA was extracted from PBMCs using Trizol; cellular Hexokinase-1 mRNA levels were quantified by quantitative real time PCR using SYBR Green. Statistical analysis was performed using Mann-Whitney U Test. Differences were considered to be significant if P<0.05. Each assay was normalized using 18s rRNA gene. \n \nResults: We observed significantly lower level of Hexokinase-1 mRNA expression in HESNs when compared to that in newly enrolled HIV uninfected CSWs (Hexokinase-1 p=0.0323). \n \nFurthermore, the levels of Hexokinase-1 mRNA in HESN and the HIV negative antenatal clinic attendees were quite similar (Hexokinase-1 p=0.6448). \n \nConclusions: Lower expression of Hexokinase-1 in HESN might suggest lower regulation of glucose uptake. Hexokinase is a rate-limiting enzyme in the glycolysis pathway. Following studies of expression and uptake are underway to understand its role in glucose metabolism in HIV resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».