Abstract 2123: Novel integration sites for Friend murine leukemia virus
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Friend murine leukemia virus (F-MuLV), a type C retrovirus, induces erythroleukemia when injected into certain strains of mice. The Induction of erythroleukemia is associated with viral integration into Friend leukemia integration site-1 (Fli-1). In some F-MuLV-infected mice we did not observe viral integration into Fli-1 region by Southern blot analysis. We hypothesize that induction of leukemia in these mice is due to insertion of F-MuLV into a novel integration site distinct from Fli-1. Methods: The genomic DNA of F-MuLV-induced leukemic cells is digested by StuI restriction enzyme. DNA sequences of about 50 base pairs in length, termed adaptors, are then ligated to both ends of the digested fragments. Using primers for the adaptors and F-MuLV sequences, we performed PCR, followed by nested PCR to amplify those fragments that contain F-MuLV sequence. The PCR product is gel purified, cloned into a TA vector and sequenced. The sequences are compared to mouse genome databank to determine the F-MuLV flanking sequences. Results: We identified seven novel integration sites for F-MuLV. Three of these sites are located inside genes and the remaining four do not interrupt any genes. We performed PCR to check if any of these integration sites were also targets of F-MuLV in twenty other tumors of the same type. We found that one of these integration sites which is close to Myb gene occurred in twenty five percent of the tested tumors in an area 1 kb in length. Conclusion: We identified seven novel F-MuLV integration sites for F-MuLV. We showed that the integration site on chromosome 10 close to the Myb gene occurs in 25% of F-MuLV- induced tumors and is therefore a common integration site. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 2123.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».