Distinct Morphologies for Amyloid Beta Protein Monomer: Aβ<sub>1–40</sub>, Aβ<sub>1–42</sub>, and Aβ<sub>1–40</sub>(D23N)
Notice bibliographique
Résumé
Numerous experimental studies indicate that amyloid beta protein (Aβ) oligomers as small as dimers trigger Alzheimer's disease. Precise solution conformation of Aβ monomer is missing since it is highly dynamic and aggregation prone. Such a knowledge is however crucial to design drugs inhibiting oligomers and fibril formation. Here, we determine the equilibrium structures of the Aβ1-40, Aβ1-42, and Aβ1-40(D23N) monomers using an accurate coarse-grained force field coupled to Hamiltonian-temperature replica exchange molecular dynamics simulations. We observe that even if these three alloforms are mostly disordered at the monomeric level, in agreement with experiments and previous simulations on Aβ1-40 and Aβ1-42, striking morphological differences exist. For instance, Aβ1-42 and Aβ1-40(D23N) have higher β-strand propensities at the C-terminal, residues 30-42, than Aβ1-40. The D23N mutation enhances the conformational freedom of the residues 22-29 and the propensity for turns and β-strands in the other regions. It also changes the network of contacts; the N-terminal (residues 1-16) becoming more independent from the rest of the protein, leading to a less compact morphology than the wild-type sequence. These structural properties could explain in part why the kinetics and the final amyloid products vary so extensively between the Aβ1-40 and the Aβ1-40(D23N) peptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».