1431Comparison of two multiplex PCR techniques for the study of respiratory viruses in Mexican children with pneumonia
Notice bibliographique
Résumé
Background. Respiratory tract infections are the main cause of morbidity and mortality worldwide. Diagnostic methods have evolved through time and now there are techniques available to detect multiple viruses in one sample. The aims of the study were to identify respiratory viruses in nasal washings from children younger than 5 years old admitted with pneumonia at 6 hospitals from 6 cities in Mexico and to perform a diagnostic test evaluation between 2 multiplex PCR techniques for the detection of respiratory viruses. Methods. 310 nasal washings from children younger than 5 years old with clinical and/or radiological diagnosis of pneumonia were included. Nucleic acid was extracted, and amplified by two methods: xTAG RVP (Luminex Molecular Diagnostics, Toronto, Canada) and Anyplex II RV16 (Seegene, Seoul, Corea). The respiratory viruses detected were: RSV A and B, INF A and B, PIV1, 2, 3 and 4, AdV, MpV, CoV OC43, 229E and NL63, RV A/B/C, EV and HBoV1/2/3/4. The gold standard was a construct (the same result with both techniques, and those with discrepancies were sequenced). Virus frequencies, sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value were calculated. Results. The viruses detected were in order of frequency: 43.1% RSV A, 22.9% RV/EV, 7.2% ADV, 6.5% INF A, 3.9% MpV, 2.9% HBoV, 2.6% PIV 3, 2.3% RSV B, 2.3% PIV 4, 2.3% CoV NL63, 1.9% PIV 1, 1.3% PIV 2, 0.9% INF B, 0.9% CoV OC43, 0.6% CoV 229E and 0.3% CoV HKUI. Overall Anyplex II RV16 had a higher sensitivity (90% vs 78.9%) and specificity (97.4% vs 59.4%) compared to xTAG RVP. Anyplex II RV 16 was more sensitive in detecting AdV (100% vs 52.2%), INF A (83.3% vs 53.3%), RSV A (97.8% vs 69.9%) and CoV OC45/HUK1 (100% vs 50%) compared to xTAG RVP, respectively. xTAG RVP was more sensitive in detecting PIV (95% vs 80%), RSV B (80% vs 71.4%), RV/EV (86.9% vs 83.1%) and MpV (90% vs 83.3%) compared to Anyplex II RV 16, respectively. Conclusion. The 3 most frequent pathogens detected in children with pneumonia were RSV, RV and PIV (1/2/3/4). Overall, Anyplex II RV16 had a higher sensitivity and specificity than xTAG RVP for the diagnosis of multiple respiratory viruses. Although, xTAX RVP is more sensitive to detect PIV, RSV B, RV and MpV. Disclosures. R. M. Wong Chew, Seegene: Grant Investigator, Research grant
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».