High-resolution melting analysis of common and recombinant genotypes of the Atlantic cod (<i>Gadus morhua</i>) hemoglobin β1 gene in transatlantic populations
Notice bibliographique
Résumé
High-resolution melting (HRM) analysis was applied to haplotype the Met55Val–Lys62Ala mutations of the Atlantic cod ( Gadus morhua ) Hb-β1 gene responsible for the important hemoglobin polymorphisms. The Val55–Ala62 haplotype predominated in cod populations throughout the Northwest Atlantic Ocean and the northern Norwegian and Baltic seas, while the Met55–Lys62 variant was mostly found in the North Sea, Kattegat, and along the southern part of the Norwegian coast. Whereas the distribution of the two main haplotypes show a temperature-related north–south gradient in Northeast Atlantic populations, this study provided no evidence for such a cline on the western side of the North Atlantic Ocean. Coupling and repulsion double heterozygotes were readily distinguished by the HRM assay, but no repulsion heterozygote specimens were found on either side of the Atlantic Ocean. The recombinant haplotype Val55–Lys62 was detected in variable numbers in both Northwest and Northeast Atlantic populations, with the highest frequencies in the Canadian populations. The reciprocal Met55–Ala62 recombination was almost absent in the populations examined and probably represents a disadvantage, particularly at elevated temperatures. Our HRM assay affords low-cost, precise, and efficient Hb-β1 polymorphism haplotyping in large numbers of DNA samples in small, moderately equipped laboratories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».