Resolubilization of Precipitated Intact Membrane Proteins with Cold Formic Acid for Analysis by Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Protein precipitation in organic solvent is an effective strategy to deplete sodium dodecyl sulfate (SDS) ahead of MS analysis. Here we evaluate the recovery of membrane and water-soluble proteins through precipitation with chloroform/methanol/water or with acetone (80%). With each solvent system, membrane protein recovery was greater than 90%, which was generally higher than that of cytosolic proteins. With few exceptions, residual supernatant proteins detected by MS were also detected in the precipitation pellet, having higher MS signal intensity in the pellet fraction. Following precipitation, we present a novel strategy for the quantitative resolubilization of proteins in an MS-compatible solvent system. The pellet is incubated at -20 °C in 80% formic acid/water and then diluted 10-fold with water. Membrane protein recovery matches that of sonication of the pellet in 1% SDS. The resolubilized proteins are stable at room temperature, with no observed formylation as is typical of proteins suspended in formic acid at room temperature. The protocol is applied to the molecular weight determination of membrane proteins from a GELFrEE-fractionated sample of Escherichia coli proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».