Sequence Hydropathy Dominates Membrane Protein Response to Detergent Solubilization
Notice bibliographique
Résumé
The ability to predict from amino acid sequence how membrane protein structures will respond to detergent solubilization would significantly facilitate experimental characterization of these molecules. Here we have investigated and compared the response to solubilization by the "mild" n-dodecyl-β-D-maltoside (DDM) and "harsh" sodium dodecyl sulfate (SDS) of wild-type and point mutant "hairpin" (helix-loop-helix) membrane proteins derived from the third and fourth TM segments of the human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) and the intervening extracellular loop. Circular dichroism spectroscopy, size-exclusion chromatography, and pyrene fluorescence spectroscopy were used to evaluate the secondary structures, hairpin-detergent complex excluded volumes, and hairpin compactness of the detergent-solubilized sequences. Sequence hydrophobicity is found to be the dominant factor dictating membrane protein response to detergent solubilization by DDM and SDS, with hairpin secondary structure exquisitely sensitive to mutation when DDM is used for solubilization. DDM and SDS differ principally in their ability to promote approach of TM segment ends, although hairpin compactness remains sensitive to point mutations. Our overall findings suggest that protein-protein and protein-detergent interactions are determined concomitantly, with the net hydropathy of residues exposed to detergent dominating the observed properties of the solubilized protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».