Nuclear and chloroplast DNA phylogeny reveals complex evolutionary history of<i>Elymus pendulinus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Evidence accumulated over the last decade has shown that allopolyploid genomes may undergo complex reticulate evolution. In this study, 13 accessions of tetraploid Elymus pendulinus were analyzed using two low-copy nuclear genes (RPB2 and PepC) and two regions of chloroplast genome (Rps16 and trnD-trnT). Previous studies suggested that Pseudoroegneria (St) and an unknown diploid (Y) were genome donors to E. pendulinus, and that Pseudoroegneria was the maternal donor. Our results revealed an extreme reticulate pattern, with at least four distinct gene lineages coexisting within this species that might be acquired through a possible combination of allotetraploidization and introgression from both within and outside the tribe Hordeeae. Chloroplast DNA data identified two potential maternal genome donors (Pseudoroegneria and an unknown species outside Hordeeae) to E. pendulinus. Nuclear gene data indicated that both Pseudoroegneria and an unknown Y diploid have contributed to the nuclear genome of E. pendulinus, in agreement with cytogenetic data. However, unexpected contributions from Hordeum and unknown aliens from within or outside Hordeeae to E. pendulinus without genome duplication were observed. Elymus pendulinus provides a remarkable instance of the previously unsuspected chimerical nature of some plant genomes and the resulting phylogenetic complexity produced by multiple historical reticulation events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».