Identification of Tyr241 as a Key Catalytic Base in the Family 4 Glycoside Hydrolase BglT from <i>Thermotoga maritima</i>
Notice bibliographique
Résumé
While the vast majority of glycosidases catalyze glycoside hydrolysis via oxocarbenium ion-like transition states and typically employ carboxylic acid residues as acid/base or nucleophile catalysts, two subfamilies of these enzymes (GH4 and GH109 in the CAZY classification) conduct hydrolysis via a redox-assisted mechanism involving anionic transition states. While good evidence of this mechanism has been obtained, the identities of the catalytic residues involved have not yet been confirmed. Mechanistic analyses of mutants of the 6-phospho-β-glucosidase from Thermotoga maritima (BglT), in which the active site tyrosine residue (Tyr 241) has been replaced with Phe and Ala, provide support for its role as a catalytic base. The pH dependence of k(cat) and k(cat)/K(m), particularly of the acidic limb corresponding to the base, is shifted relative to that of the wild-type enzyme. Kinetic isotope effects for hydrolysis of substrates deuterated at C1, C2, and C3 by the Tyr 241 mutants are strongly pH-dependent, with essentially full primary kinetic isotope effects being observed for the 2-deutero substrate at low pH with the Tyr241Ala mutant. This is consistent with a slowing of the deprotonation step upon removal of the base.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».