The Influence of Gap Length on Cooperativity and Rate of Association in DNA-Modified Gold Nanoparticle Aggregates
Notice bibliographique
Résumé
Polyvalent gold nanoparticle–DNA conjugates hybridize with complementary linker DNA strands to form aggregates that exhibit sharp dissociation curves indicative of cooperative behavior. Introducing single-stranded gaps consisting of thymidines (T 1 –T 20 ) into the linker strand resulted in a decrease in the number of duplexes that dissociate cooperatively. Upon adding one base insertion (T 1 ) the cooperative number drops from 6.3(2) to 2.8(2) duplexes. The cooperative number then increases slightly for the T 3 gap and thereafter decreases for T 8 and T 10, with a slight increase again for the T 20 gap. As the presence of a shared condensed cation cloud has been implicated in neighboring duplex cooperativity, we measured the salt-dependent behavior of T n gap-linked unmodified duplexes and the number of ions released per duplex dissociation. Interestingly, the number of cations released for the duplexes with a longer gap sequence is significantly larger than the number released for a T 1 gap-linked duplex or a nicked duplex (T 0 ). Overall there is a correlation between the change in condensed cation density and the dissociation entropy for the unmodified T n gap-linked duplexes, and the cooperative unit for the T n gap-linked GNP–DNA aggregates. Using dynamic light scattering and changes in optical absorbance, we also found that aggregation of GNP–DNA is more rapid when hybridization occurs at a nicked versus gap site, which was previously observed but attributed to slower hybridization as a result of the longer linker strand. By comparing the aggregation rate of a prehybridized GNP–DNA:T 10 -linker complex with a completely complementary GNP–DNA and a GNP–DNA that led to a T 10 gap, we were able to establish that the presence of the gap, not DNA length or accessibility, caused the decrease in aggregation rate. Our results support that flexibility in aggregates decreases the rate of aggregation as well as the extent of cooperativity, which has important implications in genomic DNA detection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».