Effects of Cu Ions and Explicit Water Molecules on the Copper Binding Domain of Amyloid Precursor Protein APP(131–189): A Molecular Dynamics Study
Notice bibliographique
Résumé
Amyloid precursor protein (APP) is a cell-surface trans-membrane glycoprotein that appears to play an important role in in vivo Cu ion homeostasis. This protein includes a copper-binding-domain (CuBD) fragment consisting of residues 124-189, of which His147, His151, Tyr168, and possibly Met170 comprise the explicit Cu-binding site (CuBS). Molecular dynamics (MD) simulations are carried out on Cu-free and Cu-bound APP models, based on crystal structures including residues 131-189 obtained from the Protein Data Bank, to confirm the site of Cu-ion binding and to elucidate the effects of the oxidation state of the Cu ions (default GROMACS parameters modeled only the electrostatic binding to the Cu ions at the CuBS) and explicit water molecules on the conformational properties of the 131-189 residue portion of the CuBD. MD trajectory analysis demonstrated a conformational change of Met170. The sulfur atom of Met170 moves closer to the Cu(II) ion and away from Cu(I), and this change may play an important role in the reduction of Cu(II) and the release of Cu(I). Two explicit water molecules were included in the MD simulations. These water molecules that bind strongly to the Cu ions via their lone pair electrons result in a significant modification of the binding interactions with the other residues at the CuBS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».