Preferential Amplification and Stutter Observed in Population Database Samples using the Ampf<i>l</i>STR Profiler™ Multiplex System
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACTThis paper reports the prevalence as well as the magnitudes of preferential amplification and stutter in the AmpF/STR Profiler™ DNA typing system based on data compiled from 319 single-source database samples. At all nine loci, over 96% of heterozygous genotypes showed greater than 60% peak height concordance between alleles. Peak height concordance lower than 50% was observed only at the CSF1PO (45%), D7S820 (46%) and amelogenin (36%) loci. Stutter was most often observed at the D3S1358 locus (78.0% of genotypes), however, vWA demonstrated the greatest mean percent stutter (7.1% of true allele peak height). Stutter was least often detected at THO1 (3.4% of genotypes). Stutter greater than 15% of the true allele height was not observed in this study. Concordance and stutter data collected using peak area is included to demonstrate similarity to peak height data.RÉSUMÉCet article décrit la prédominance ainsi que l'ampleur des phénomènes d'amplification préférentielle et de pics décalés ("stutter") dans le système de typage d'ADN AmpF/STR Profiler™, tel qu'observé dans 319 échantillons à source unique provenant d'une banque de données. Sur les 9 loci, plus de 96% des génotypes hétérozygotes présentent une concordance de plus de 60% entre la hauteur des allèles. Une concordance de moins de 50% entre la hauteur des allèles fut observée seulement avec les loci suivants: CSF1PO (45%), D7S820 (46%) et l'amélogenine (36%). Des pics décalés furent observés le plus fréquemment avec le locus D3S1358 (78% des génotypes); cependant, le locus vWA démontra le rapport moyen entre pic décalé et vrai allèle le plus élevé (7.1% de la hauteur du vrai allèle). Des pics décalés furent détectés le moins souvent au locus THO1 (3.4% des génotypes). Un rapport entre pic décalé et vrai allèle supérieur à 15% n'a pas été observé lors de cette étude. Des données sur la concordance et les pics décalés, calculées avec l'aire des pics sont aussi inclues afin de démontrer la ressemblance avec les données obtenues en utilisant la hauteur des pics.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».