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Enregistrement W2333080617 · doi:10.1095/biolreprod.115.133702

Role of Specificity Protein-1 and Activating Protein-2 Transcription Factors in the Regulation of the Gap Junction Protein Beta-2 Gene in the Epididymis of the Rat1

2016· article· en· W2333080617 sur OpenAlexaff
Cécile Adam, Daniel G. Cyr

Notice bibliographique

RevueBiology of Reproduction · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueConnexins and lens biology
Établissements canadiensInstitut National de la Recherche Scientifique
Organismes subventionnairesUniversity of Pennsylvania
Mots-clésChromatin immunoprecipitationBiologyMolecular biologyGene knockdownPromoterChromatinTransfectionTranscription factorTranscriptional regulationReporter geneSp1 transcription factorTranscription (linguistics)Regulation of gene expressionMessenger RNAGeneGene expressionGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In prepubertal rats, connexin 26 (GJB2) is expressed between adjacent columnar cells of the epididymis. At 28 days of age, when columnar cells differentiate into adult epithelial cell types, Gjb2 mRNA levels decrease to barely detectable levels. There is no information on the regulation of GJB2 in the epididymis. The present study characterized regulation of the Gjb2 gene promoter in the epididymis. A single transcription start site at position -3829 bp relative to the ATG was identified. Computational analysis revealed several TFAP2A, SP1, and KLF4 putative binding sites. A 1.5-kb fragment of the Gjb2 promoter was cloned into a vector containing a luciferase reporter gene. Transfection of the construct into immortalized rat caput epididymal (RCE-1) cells indicated that the promoter contained sufficient information to drive expression of the reporter gene. Deletion constructs showed that the basal activity of the promoter resides in the first -230 bp of the transcriptional start site. Two response elements necessary for GJB2 expression were identified: an overlapping TFAP2A/SP1 site (-136 to -126 bp) and an SP1 site (-50 bp). Chromatin immunoprecipitation (ChIP) and electrophoretic mobility shift assays confirmed that SP1 and TFAP2A were bound to the promoter. ChIP analysis of chromatin from young and pubertal rats indicated that TFAP2A and SP1 binding decreased with age. SP1 and TFAP2A knockdown indicated that SP1 is necessary for Gjb2 expression. DNA methylation did not appear to be involved in the regulation of Gjb2 expression. Results indicate that SP1 and TFAP2A regulate Gjb2 promoter activity during epididymal differentiation in rat.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,213
Score d'incertitude au seuil0,206

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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