Transmembrane Topology of Mammalian Planar Cell Polarity Protein Vangl1
Notice bibliographique
Résumé
Vangl1 and Vangl2 are membrane proteins that play an important role in neurogenesis, and Vangl1/Vangl2 mutations cause neural tube defects in mice and humans. At the cellular level, Vangl proteins regulate the establishment of planar cell polarity (PCP), a process requiring membrane assembly of asymmetrically distributed multiprotein complexes that transmit polarity information to neighboring cells. The membrane topology of Vangl proteins and the protein segments required for structural and functional aspects of multiprotein membrane PCP complexes is unknown. We have used epitope tagging and immunofluorescence to establish the secondary structure of Vangl proteins, including the number, position, and polarity of transmembrane domains. Antigenic hemagglutinin A (HA) peptides (YYDVPDYS) were inserted in predicted intra- or extracellular loops of Vangl1 at positions 18, 64, 139, 178, 213, and 314, and individual mutant variants were stably expressed at the membrane of MDCK polarized cells. The membrane topology of the exofacial HA tag was determined by a combination of immunofluorescence in intact (extracellular epitopes) and permeabilized (intracellular epitopes) cells and by surface labeling. Results indicate that Vangl proteins have a four-transmembrane domain structure with the N-terminal portion (HA18 and HA64) and the large C-terminal portion (HA314) of the protein being intracellular. Topology mapping and hydropathy profiling show that the loop delineated by TMD1-2 (HA139) and TMD3-4 (HA213) is extracellular while the segment separating predicted TMD2-3 (HA178) is intracellular. This secondary structure reveals a compact membrane-associated portion with very short predicted extra- and intracellular loops, while the protein harbors a large intracellular domain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».