Structure of the tetracycline-degrading monooxygenase TetX2
Notice bibliographique
Résumé
Page s144 s144The toxic extracellular endopeptidase AsaP1 is the causative agent of Aeromonas salmonicida achromogenes and leads to atypical furunculosis, a systematic disease in Atlantic salmon and other farmed fish (1).AsaP1 is 343 amino acids long zinc-metallopeptidase containing a signal sequence of 22 amino acids and an Nterminal propeptide of 171 amino acids, which is released by autocleavege leading to an active enzyme of 22 kDa.For biochemical and structural characterisation an E. coli expression system was established and the structure elucidation for the two inactive mutants AsaP1_E294Q and AsaP1_E294A was performed by X-Ray crystallography.The structure was solved by molecular replacement using the search model of the peptidyl-Lys metalloendopeptidase from Grifola frondosa composed of a 172 amino acid protease domain without propeptide (pdb entry 1g12).Due to inactivity of AsaP1 mutants the propeptide remains still as a part of the protein, but its function, whether it plays a role in protease folding and acts as an intramolecular chaperone or whether it inhibits proteinase activity in the intracellular space, still remains unclear.The complex build of propeptide domain and protease domain reveals insights for substrate interaction and substrate specificity of AsaP1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».