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Enregistrement W2335432651 · doi:10.1021/bi5013782

Ligand Recognition Specificity of Leukocyte Integrin α<sub>M</sub>β<sub>2</sub> (Mac-1, CD11b/CD18) and Its Functional Consequences

2015· article· en· W2335432651 sur OpenAlexaff
Nataly P. Podolnikova, Andriy V. Podolnikov, Thomas A. Haas, Valeryi K. Lishko, Tatiana P. Ugarova

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCell Adhesion Molecules Research
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood Institute
Mots-clésPhage displayIntegrin alpha MPeptideIntegrinPeptide libraryCell adhesionBinding selectivityBinding siteBiologyCD18ChemistryBiochemistryPeptide sequenceReceptorCellGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The broad recognition specificity exhibited by integrin α(M)β2 (Mac-1, CD11b/CD18) has allowed this adhesion receptor to play innumerable roles in leukocyte biology, yet we know little about how and why α(M)β2 binds its multiple ligands. Within α(M)β2, the α(M)I-domain is responsible for integrin's multiligand binding properties. To identify its recognition motif, we screened peptide libraries spanning sequences of many known protein ligands for α(M)I-domain binding and also selected the α(M)I-domain recognition sequences by phage display. Analyses of >1400 binding and nonbinding peptides derived from peptide libraries showed that a key feature of the α(M)I-domain recognition motif is a small core consisting of basic amino acids flanked by hydrophobic residues. Furthermore, the peptides selected by phage display conformed to a similar pattern. Identification of the recognition motif allowed the construction of an algorithm that reliably predicts the α(M)I-domain binding sites in the α(M)β2 ligands. The recognition specificity of the α(M)I-domain resembles that of some chaperones, which allows it to bind segments exposed in unfolded proteins. The disclosure of the α(M)β2 binding preferences allowed the prediction that cationic host defense peptides, which are strikingly enriched in the α(M)I-domain recognition motifs, represent a new class of α(M)β2 ligands. This prediction has been tested by examining the interaction of α(M)β2 with the human cathelicidin peptide LL-37. LL-37 induced a potent α(M)β2-dependent cell migratory response and caused activation of α(M)β2 on neutrophils. The newly revealed recognition specificity of α(M)β2 toward unfolded protein segments and cationic proteins and peptides suggests that α(M)β2 may serve as a previously proposed "alarmin" receptor with important roles in innate host defense.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,066
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations82
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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