Abstract 5074: Evaluation of PTEN and TMPRSS2-ERG abnormalities in prostate cancer by FISH and immunohistochemistry to address intra- and inter- tissue heterogeneity and disease progression
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Gene fusions involving the ERG oncogene and deletions of the PTEN tumor suppressor gene are frequent alterations in prostate cancer. Recent reports highlighted the cooperation of these two pathways in prostate cancer progression using mouse models and human tumors. We recently developed a monoclonal antibody (CPDR ERG-MAb) that specifically recognizes the ERG oncoprotein in human prostate tumors. The objective of this study was to determine the frequency of ERG positive prostate cancer by immunohistochemistry (IHC) compared to ERG gene fusion frequency by fluorescent in situ hybridization (FISH), their association with PTEN deletion, and correlation with clinico-pathological parameters of disease progression. Design: A tissue microarray (TMA) was constructed from 142 radical prostatectomy (RP) specimens with usual acinar-type prostate carcinoma obtained at University Health Network (UHN) between 2001 and 2002 comprising 742 spots. The TMA was constructed using up to six 0.6 mm donor cores from each RP specimen. In cases of multi focal and bilateral carcinoma, 3 donor cores were obtained from the largest foci in each lobe. Different Gleason patterns were also sampled within each focus. Standard clinical follow-up data, representing 7-9 years of follow-up, were compiled for each case using a UHN RP clinical database. Results: Of the 742 cores, analysis was performed in 536 evaluable cores. Concordance between the ERG IHC and TMPRSS2 FISH in this multi-sampled TMA was 71%. Heterogeneity of the PTEN locus was widespread both within tumor foci and between foci. The assay methodology influenced overall results. For example, FISH analysis showed wild type (wt) PTEN and wt ERG in 48% of tumor specimens in comparison to 31% by PTEN FISH and ERG IHC. Higher association of PTEN deletion rate was noted in ERG IHC positive tumors. Of note, higher frequency of homozygous PTEN deletions associated with the ERG IHC positive (5%) tumors in comparison to ERG negative (1.5%) tumors. Conclusions: Comparison of FISH and IHC based assays to analyze ERG alterations in the prostate tumors need continued evaluations in independent studies. PTEN interaction with ERG status may reveal mechanistic insights in disease progression. Further validation studies are needed. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 5074. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-5074
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».