MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2337101924 · doi:10.1177/1087057115623264

A Radioactivity-Based Assay for Screening Human m6A-RNA Methyltransferase, METTL3-METTL14 Complex, and Demethylase ALKBH5

2015· article· en· W2337101924 sur OpenAlexaff
Fengling Li, Taraneh Hajian, Elisa Gibson, Alma Seitova, Chao Xu, C.H. Arrowsmith, Masoud Vedadi

Notice bibliographique

RevueSLAS DISCOVERY · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreStructural Genomics ConsortiumUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDemethylaseRNAAlkBMethyltransferaseRNA splicingBiologyBiochemistryN6-MethyladenosineTranslation (biology)Messenger RNACell biologyGeneEpigeneticsMethylationDNA repair

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

N(6)-methyladenosine (m(6)A) is the most common reversible internal modification in mammalian RNA. Changes in m(6)A levels have been implicated in a variety of cellular processes, including nuclear RNA export, control of protein translation, and protein splicing, and they have been linked to obesity, cancer, and other human diseases. METTL3 and METTL14 are N(6)-adenosine methyltransferases that work more efficiently in a stable METTL3-METTL14 heterodimer complex (METTL3-14). ALKBH5 is an m(6)A-RNA demethylase that belongs to the AlkB family of dioxygenases. We report the development of radioactivity-based assays for kinetic characterization of m(6)A-RNA modifications by METTL3-14 complex and ALKBH5 and provide optimal assay conditions suitable for screening for ligands in a 384-well format with Z' factors of 0.78 and 0.77, respectively.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,066
Tête enseignante GPT0,322
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations132
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentnon

Explorer davantage

Même revueSLAS DISCOVERYMême sujetRNA modifications and cancerTravaux en français237 207