Biochemical Characterization of a Lanthanide-Dependent DNAzyme with Normal and Phosphorothioate-Modified Substrates
Notice bibliographique
Résumé
A trivalent lanthanide (Ln(3+))-dependent RNA-cleaving DNAzyme, Ce13d, was recently isolated via in vitro selection. Ce13d is active in the presence of all Ln(3+) ions. Via introduction of a single phosphorothioate (PS) modification at the cleavage site, its activity with Ln(3+) decreases while all thiophilic metals can activate this DNAzyme. This property is unique to Ce13d and is not found in many other tested DNAzymes. This suggests the presence of a well-defined but general metal binding site. Herein, a systematic study of Ce13d with the PO substrate (using Ce(3+)) and the PS substrate (using Cd(2+)) is performed. In both the PO and PS systems, the highest activity was with ∼10 μM metal ions. Higher concentrations of Ce(3+) completely inhibit the activity, while Cd(2+) only slows the activity. A comparison of different metal ions suggests that the role of metal is to neutralize the phosphate negative charge. Both systems follow a similar pH-rate profile with a single deprotonation step, indicating similar reaction mechanisms. The activity difference between the Rp and Sp form of the PS substrate is <10-fold, which is much smaller than most known RNA-cleaving enzymes. Mutation studies identified eight highly conserved purines, among which the two adenines play mainly structural roles, while the guanines are likely to be involved in metal binding. Ce13d can serve as a model system for further understanding of DNAzyme biochemistry and bioinorganic chemistry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».