Whole Genome Sequencing in Tracking Intergenus Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase (KPC) Gene Transmission in a Tertiary Care Center
Notice bibliographique
Résumé
Background. An outbreak is traditionally suspected when a cluster of cases associated with a common organism is observed. Outbreaks due to carbapenemase-producing organisms challenge traditional infection control approaches as the focus shifts to resistance genes transmitted between different genera and species. Whole genome sequencing (WGS) is a new tool that allows for the genetic typing of isolates and for tracking of mobile resistance elements. Methods. In a 637-bed university teaching hospital in Montréal, Canada, detection of a new case of a nosocomially acquired KPC-producing Enterobacter cloacae (Ec1) prompted the application of WGS analysis to epidemiologically-linked clinical and surveillance samples harbouring the KPC gene (n = 9). blaKPC gene presence was confirmed by PCR. Pulsed-field gel electrophoresis using XbaI, plasmid fingerprinting (pRFLP) using Bgl II and PCR to detect plasmid incompatibility groups (Inc) was conducted. Whole genome sequencing (WGS) was conducted using Illumina technology on a Miseq with assembly using Spades. Analysis of the genomes was conducted by single variant polymorphisms (SVP), MLST and mapping of Tn4401 to a referencing using Bowtie. Results. In all, 9 isolates from 5 subjects were sequenced: 5 K. pneumoniae, 1 E.coli, 1 K. oxytoca and 2 E. cloacae (Ec1 and the only other known KPC-producing E. cloacae detected at the hospital in the previous year). SNP analysis of Tn4401 and pRFLP revealed 3 transposon types (Tn4401-type1-3), incorporated into 6 distinct plasmids (A1, A2, B1, C1, D1, E1), belonging to IncN, IncP,L/M, IncFllk or IncFIA(H1). Tn4401-type1 was identified in 3 plasmids (A2, D1, E1), found in 3 species, K. pneumoniae, E. cloacae and K. oxytoca. A2, an IncN plasmid, associated with Tn4401-type1 was identified in Ec1 and in a K. pneumoniae suggesting that the isolates are linked. Conclusion. WGS is a promising tool to aid in investigating and tracking transmission of both organisms and their highly mobile genetic determinants of resistance. As demonstrated here, its application in the setting of nosocomial transmission supports re-thinking of when and how to implement infection control practices and endorses WGS on a larger scale to optimize the management of nosocomial outbreaks. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».