Differences in Whole Blood Gene Expression Associated with Infection Time-Course and Extent of Fetal Mortality in a Reproductive Model of Type 2 Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV) Infection
Notice bibliographique
Résumé
Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV) infection of pregnant females causes fetal death and increased piglet mortality, but there is substantial variation in the extent of reproductive pathology between individual dams. This study used RNA-sequencing to characterize the whole blood transcriptional response to type 2 PRRSV in pregnant gilts during the first week of infection (at 0, 2, and 6 days post-inoculation), and attempted to identify gene expression signatures associated with a low or high level of fetal mortality rates (LFM and HFM; n = 8/group) at necropsy, 21 days post-inoculation. The initial response to infection measured at 2 days post-inoculation saw an upregulation of genes involved in innate immunity, such as interferon-stimulated antiviral genes and inflammatory markers, and apoptosis. A concomitant decrease in expression of protein synthesis and T lymphocyte markers was observed. By day 6 the pattern had reversed, with a drop in innate immune signaling and an increase in the expression of genes involved in cell division and T cell signaling. Differentially expressed genes (DEGs) associated with extremes of litter mortality rate were identified at all three time-points. Among the 15 DEGs upregulated in LFM gilts on all three days were several genes involved in platelet function, including integrins ITGA2B and ITGB3, and the chemokine PF4 (CXCL4). LFM gilts exhibited a higher baseline expression of interferon-stimulated and pro-inflammatory genes prior to infection, and of T cell markers two days post-infection, indicative of a more rapid progression of the immune response to PRRSV. This study has increased our knowledge of the early response to PRRSV in the blood of pregnant gilts, and could ultimately lead to the development of a biomarker panel that can be used to predict PRRSV-associated reproductive pathology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».