Phylogenetic and Genomic Analyses Resolve the Origin of Important Plant Genes Derived from Transposable Elements
Notice bibliographique
Résumé
Once perceived as merely selfish, transposable elements (TEs) are now recognized as potent agents of adaptation. One way TEs contribute to evolution is through TE exaptation, a process whereby TEs, which persist by replicating in the genome, transform into novel host genes, which persist by conferring phenotypic benefits. Known exapted TEs (ETEs) contribute diverse and vital functions, and may facilitate punctuated equilibrium, yet little is known about this process. To better understand TE exaptation, we designed an approach to resolve the phylogenetic context and timing of exaptation events and subsequent patterns of ETE diversification. Starting with known ETEs, we search in diverse genomes for basal ETEs and closely related TEs, carefully curate the numerous candidate sequences, and infer detailed phylogenies. To distinguish TEs from ETEs, we also weigh several key genomic characteristics including repetitiveness, terminal repeats, pseudogenic features, and conserved domains. Applying this approach to the well-characterized plant ETEs MUG and FHY3, we show that each group is paraphyletic and we argue that this pattern demonstrates that each originated in not one but multiple exaptation events. These exaptations and subsequent ETE diversification occurred throughout angiosperm evolution including the crown group expansion, the angiosperm radiation, and the primitive evolution of angiosperms. In addition, we detect evidence of several putative novel ETE families. Our findings support the hypothesis that TE exaptation generates novel genes more frequently than is currently thought, often coinciding with key periods of evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».