Genetic and chemical differentiation of <i>Campylobacter coli</i> and <i>Campylobacter jejuni</i> lipooligosaccharide pathways
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Despite the importance of lipooligosaccharides (LOS) in the pathogenicity of campylobacteriosis, little is known about the genetic and phenotypic diversity of LOS in C. coli . In this study, we investigated the distribution of LOS locus classes among a large collection of unrelated C. coli isolates sampled from several different host species. Furthermore, we paired C. coli genomic information and LOS chemical composition for the first time to identify mechanisms consistent with the generation of LOS phenotypic heterogeneity. After classifying three new LOS locus classes, only 85% of the 144 isolates tested were assigned to a class, suggesting higher genetic diversity than previously thought. This genetic diversity is at the basis of a completely unexplored LOS structure heterogeneity. Mass spectrometry analysis of the LOS of nine isolates, representing four different LOS classes, identified two features distinguishing C. coli LOS from C. jejuni ’s. GlcN-GlcN disaccharides were present in the lipid A backbone in contrast to the GlcN3N-GlcN backbone observed in C. jejuni . Moreover, despite that many of the genes putatively involved in Qui3 p NAcyl were absence in the genomes of various isolates, this rare sugar was found in the outer core of all C. coli . Therefore, regardless the high genetic diversity of LOS biosynthes is locus in C. coli , we identified species-specific phenotypic features of C. coli LOS which might explain differences between C. jejuni and C. coli in terms of population dynamics and host adaptation. Depositories (where applicable) The whole genome sequences of C. coli are publicly available on the RAST server ( http://rast.nmpdr.org ) with guest account (login and password ‘guest’) under IDs: 195.91, 195.96-195.119, 195.124-195.126, 195.128-195.130, 195.133, 195.134, 6666666.94320
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».