The Effect of Different Case Definitions of Current Smoking on the Discovery of Smoking-Related Blood Gene Expression Signatures in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Smoking is the number one modifiable environmental risk factor for chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Clinical, epidemiological and increasingly "omics" studies assess or adjust for current smoking status using only self-report, which may be inaccurate. Objective measures such as exhaled carbon monoxide (eCO) may also be problematic owing to limitations in the measurements and the relatively short half life of the molecule. In this study, we determined the impact of different case definitions of current cigarette smoking on gene expression in peripheral blood of patients with COPD. METHODS: Peripheral blood gene expression from 573 former- and current-smokers with COPD in the ECLIPSE study was used to find genes whose expression was associated with smoking status. Current smoking was defined using self-report, eCO concentrations, or both. Linear regression was used to determine the association of current smoking status with gene expression adjusting for age, sex and propensity score. Pathway enrichment analyses were performed on genes with P < .001. RESULT: Using self-report or eCO, only two genes were differentially expressed between current and ex-smokers, with no enrichment in biological processes. When current smoking was defined using both eCO and self-report, four genes were differentially expressed (LRRN3, PID1, FUCA1, GPR15) with enrichment in 40 biological pathways related to metabolic processes, response to hypoxia and hormonal stimulus. Additionally, the combined definition provided better distributions of test statistics for differential gene expression. CONCLUSION: A combined phenotype of eCO and self report allows for better discovery of genes and pathways related to current smoking. IMPLICATIONS: Studies relying only on self report of smoking status to assess or adjust for the impact of smoking may not fully capture its effect and will lead to residual confounding of results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,025 | 0,043 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».