Cloning and analysis of the core sequence of small subunit ribosomal RNA of Endoreticulatus bombycis
Notice bibliographique
Résumé
Endoreticulatus bombycis is a new pathogenic microspordia isolated from the silkworm larvae. With polymerase chain reaction (PCR) method,we amplified a fragment of the core sequence of the small subunit ribosomal RNA (SSUrRNA) of Endoreticulatus bombycis. The SSUrRNA fragment was inserted into pMD18-T Vector and then cloned. It had a length of 1 230 nucleotides and a percentage GC content of 51.3%. The accession number in GenBank is gi11181769|AY009115. The secondary structure model of the SSUrRNA of Endoreticulatus bombycis was constructed both on the bases of the sequence alignment and RNAFOLD program of the PC-GENE package. The secondary structure model revealed that Endoreticulatus bombycis lacked many eukaryotic helices, such as helix10, helix 11, helix 18, helix 43 and helix 46,but it has V4 region and has more of prokaryotic character. Analyzed by Blast, Endoreticulatus bombycis, Endoreticulatus schubergi and Pleistophora sp.(Sd-Nu-IW8201) have a high similarity, over 98%. Phylogeny tree of Endoreticulatus and Pleistophora species showed that Endoreticulatus and Pleistophora sp.(Sd-Nu-IW8201) was in a group and the other Pleistophora species were in another group .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».