Isolation and genomic sequence analysis of porcine circovirus type 2 from pigs
Notice bibliographique
Résumé
Post-weaning multisystemie wasting syndrome (PMWS) is an emerging disease in swine. Porcine circovirus type 2 (PCV2) has been associated with the PMWS. Two PCV2 strains were isolated from pigs showing signs of PMWS in Fujian Province. They were denominated FUQING0401 and PUTIAN0401. the sequencing of 2 PCV2 strains along with the phylogenetie analysis of these strains and those of 12 PCV2 sequences published in GenBank were compared. Sequence analysis of the complete genome indicated that the Fujian PCV2 strains were closely related to each other but also to other PCV2 strains originating from Canada, USA, Europe and China. Sequence analysis of ORF1 genes of the 2 strains revealed that the extent of nucleotide homologous was 97.5 %. The amino acid sequences alignment of the PCV2 replicatase protein identified 6 amino acid heterogeneity. Capsid protein genes of PUTIAN0401 and FUQING0401 homologous rate was 99.7％, and the amino acid homologous rate was 98.7％. Phylogenetic analysis revealed that the 14 strains could be divided into several clusters, but the homologous rate was different from 91.6％to 99.9％. The two strains from Fujian were spread in small groupings and an association with geographic origin could not be established.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».