Sequencing of Whole Genome of Human Parainfluenza Virus Type 3 Strain LZ22 Isolated in Lanzhou City,China
Notice bibliographique
Résumé
Objective To sequence the whole genome of human parainfluenza virus type 3(HPIV-3)strain LZ22 isolated in Lanzhou City,China.Methods The nucleotide of whole genome of LZ22 strain was sequenced by genomic walking method and RACE,based on which the structural character of and evolution of the strain were evaluated.Results The whole genome of LZ22 strain consisted of 15 462 nucleotides,which complied withrule of six.The nucleotides encoded 6 structural proteins in an order of 3'-NP-PP/C-M-F-HN-L-5'.The genomic structure of LZ22 strain was identical to that of HPIV-3 strain with known sequence.However,the genomic comparison with other 4 HPIV-3 reference strains in GenBank revealed the highest homology of 99%(with 147 nucleotide variation)of LZ22 strain to ZHYMgz01 strain isolated in Guangzhou City,China and the lowest homology of 94.6%(with 832 nucleotide variation)of the strain to 14702 strain isolated in Canada.Phylogenetic analysis showed the closest evolutionary relationship of LZ22 strain with ZHYMgz01 strain,second with GP strain(Japan),and the farthest relationship with 14702 and JS(USA) strains.Conclusion LZ22 strain was of the genetic character of paramyxovirus,of which the nucleotide sequence was highly homologous to that of HPIV-3 strain.The phylogenesis of HPIV-3 strain may be correlated with geographical region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».