Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods II
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Since the availability of assembled eukaryotic genomes, the first one being a budding yeast, many computational methods for the reconstruction of ancestral karyotypes and gene orders have been developed. The difficulty has always been to assess their reliability, since we often miss a good knowledge of the true ancestral genomes to compare their results to, as well as a good knowledge of the evolutionary mechanisms to test them on realistic simulated data. In this study, we propose some measures of reliability of several kinds of methods, and apply them to infer and analyse the architectures of two ancestral yeast genomes, based on the sequence of seven assembled extant ones. The pre-duplication common ancestor of S. cerevisiae and C. glabrata has been inferred manually by Gordon et al. (Plos Genet. 2009). We show why, in this case, a good convergence of the methods is explained by some properties of the data, and why results are reliable. In another study, Jean et al. (J. Comput Biol. 2009) proposed an ancestral architecture of the last common ancestor of S. kluyveri, K. thermotolerans, K. lactis, A. gossypii, and Z. rouxii inferred by a computational method. In this case, we show that the dataset does not seem to contain enough information to infer a reliable architecture, and we construct a higher resolution dataset which gives a good reliability on a new ancestral configuration.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle