Use of Site-Specific Protein-DNA Photocrosslinking to Analyze the Molecular Organization of the RNA Polymerase II Initiation Complex
Notice bibliographique
Résumé
Site-specific protein-DNA photocrosslinking has proved to be the method of choice for analysis of the formation of nucleoprotein complexes such as those involved in transcription by mammalian RNA polymerase II (RNA Pol II). The method has two principal advantages. First, it yields structural information on large, multisubunit complexes that in general cannot be analyzed using standard high-resolution techniques such as X-ray crystallography or nuclear magnetic resonance (NMR). For example, site-specific protein-DNA photocrosslinking, in conjunction with complementary methods such as protein-affinity chromatography and electron microscopy, has produced information on both the molecular organization and the composition of the RNA Pol II pre-initiation complex on promoter DNA (, , , ). This complex contains RNA Pol II and the general transcription factors TBP, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF (RAP74 and RAP30), and TFIIH, and is composed of more than 25 polypep-tides ranging in Mr from 10 to 220 kDa (). Neither X-ray crystallography nor NMR, which can only resolve the structure of complexes containing short protein fragments bound to small pieces of promoter DNA, could provide any detailed structural information on this complex. Second, the method has sufficient technical flexibility so as to allow the rapid analysis of complexes assembled under various conditions. Over the past few years, we have analyzed a large collection of complexes assembled in the presence of various combinations of the general transcription factors (wild-type or different deletion mutants) and RNA Pol II (, , , ). These experiments have enabled us to draw conclusions on the dynamics of RNA Pol II pre-initiation complex assembly and has led to the notion that isomerization of the RNA Pol II pre-initiation complex proceeds through wrapping of the promoter DNA around the enzyme ().
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».