Nuclease Footprints in Sperm Project Past and Future Chromatin Regulatory Events
Notice bibliographique
Résumé
Nuclear remodeling to a condensed state is a hallmark of spermatogenesis. This is achieved by replacement of histones with protamines. Regions retaining nucleosomes may be of functional significance. To determine their potential roles, sperm from wild type and transgenic mice harboring a single copy insert of the human protamine cluster were subjected to Micrococcal Nuclease-seq. CENTIPEDE, a hierarchical Bayesian model, was used to identify multiple spatial patterns, "footprints", of MNase-seq reads along the sperm genome. Regions predicted by CENTIPEDE analysis to be bound by a regulatory factor in sperm were correlated with genomic landmarks and higher order chromatin structure datasets to identify potential roles for these factors in regulating either prior or post spermatogenic, i.e., early embryonic events. This approach linked robust endogenous protamine transcription and transgene suppression to its chromatin environment within topologically associated domains. Of the candidate enhancer-bound regulatory proteins, Ctcf, was associated with chromatin domain boundaries in testes and embryonic stem cells. The continuity of Ctcf binding through the murine germline may permit rapid reconstitution of chromatin organization following fertilization. This likely reflects its preparation for early zygotic genome activation and comparatively accelerated preimplantation embryonic development program observed in mouse as compared to human and bull.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».