Analyzing the Contributions of Chromatin Structure in Nuclear Hormone Receptor Activated Transcription In Vivo
Notice bibliographique
Résumé
The mouse mammary tumor virus (MMTV) promoter has been used extensively as a model system to examine the role of chromatin structure on transcriptional regulation from a steroid responsive gene ( Fig. 1 ). Early studies demonstrated that the chromatin structure of the MMTV promoter was altered upon glucocorticoid treatment, such that a discrete region became hypersensitive to DNaseI ( 1 ). This hypersensitive region corresponded to the portion of the MMTV promoter that was shown to function as a hormonal enhancer in vivo ( 1 ). Examination of the MMTV promoter stably maintained in mouse mammary cell lines revealed that the MMTV long terminal repeat (LTR) organized into a phased array of six precisely positioned nucleosomes ( A-F ) ( 2 - 4 ). The proximal promoter, containing the hormone response elements (HREs), and binding sites for nuclear factor 1 (NF1), TATA binding protein (TBP), and octamer transcription factors (OTFs) is encompassed by nucleosomes A and B ( 2 , 5 ). Analysis of glucocorticoid activation of the MMTV promoter demonstrated that the glucocorticoid receptor (GR) initiated a cascade of events that led to chromatin disruption upon GR binding to the HREs. Prior to hormonal stimulation the MMTV promoter chromatin structure excluded NF1, TBP, and OTFs from their binding sites ( 6 - 8 ). Treatment with glucocorticoids resulted in activation of the GR, recruitment of coactivators (CoAs) and chromatin remodeling complexes (CRCs), as well as disruption of nucleosome B, subsequent binding of NF1 and OTF, and assembly of a preinitiation complex ( 9 , 10 ). ( A ) Nucleosomal organization of the m M TV promoter. When the m M TV promoter is stably introduced into cells, it is organized into a phased array of nucleosomes ( A-F ). The hormone inducible hypersensitive region (HSR) is positioned over nucleosome B. An expansion of the region encompassed by nucleosomes A and B indicates the binding sites for important transcription factors as well as their approximate distance from the transcription start site (+1). The binding sites for the steroid receptors, hormone response elements (HREs), nuclear factor 1 (NF1), the octamer transcription factors (OTFs) and the TATA-binding protein (TBP) are illustrated. ( B ) Steroid hormones alter m M TV chromatin structure and transcription factor access. In the absence of hormone, nucleosome B is in a repressed conformation, histone H1 is phosphorylated, and transcription factors are excluded from their binding sites. Hormone treatment activates the steroid receptor, which recruits chromatin remodeling complexes (CRCs), and coactivators (CoAs), and ultimately results in a remodeling of nucleosome B to an active chromatin architecture that permits transcription factor binding and transcriptional activation. These keywords were added by machine and not by the authors. This process is experimental and the keywords may be updated as the learning algorithm improves.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».