Draft genome of the most devastating insect pest of coffee worldwide: the coffee berry borer, Hypothenemus hampei
Notice bibliographique
Résumé
The coffee berry borer, Hypothenemus hampei, is the most economically important insect pest of coffee worldwide. We present an analysis of the draft genome of the coffee berry borer, the third genome for a Coleopteran species. The genome size is ca. 163 Mb with 19,222 predicted protein-coding genes. Analysis was focused on genes involved in primary digestion as well as gene families involved in detoxification of plant defense molecules and insecticides, such as carboxylesterases, cytochrome P450, gluthathione S-transferases, ATP-binding cassette transporters, and a gene that confers resistance to the insecticide dieldrin. A broad range of enzymes capable of degrading complex polysaccharides were identified. We also evaluated the pathogen defense system and found homologs to antimicrobial genes reported in the Drosophila genome. Ten cases of horizontal gene transfer were identified with evidence for expression, integration into the H. hampei genome, and phylogenetic evidence that the sequences are more closely related to bacterial rather than eukaryotic genes. The draft genome analysis broadly expands our knowledge on the biology of a devastating tropical insect pest and suggests new pest management strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».