P07.02 Evaluation of the hologic transcription mediated amplification assay for detection of<i>mycoplasma genitalium</i>from urine samples
Notice bibliographique
Résumé
<h3>Introduction</h3> <i>M. genitalium</i> is an emerging sexually transmitted pathogen, with a strong association with urethritis, cervicitis and pelvic inflammatory disease. Detection of this bacterium by routine culture is not practical and routine diagnosis and screening for <i>M. genitalium</i> by molecular techniques has been hampered by lack of readily available commercial assays. A preliminary version of a commercial amplification assay is currently available on the Panther platform and was evaluated against an in-house qPCR assay currently in use for routine diagnostics. <h3>Methods</h3> Overall 1000 consecutive urine samples from men and women were utilised for this evaluation. Over the course of 3 months, urine samples were obtained from consecutive symptomatic men and women being screened for <i>M. genitalium</i> at Melbourne Sexual Health Centre, as well as women being screened prior to termination of pregnancy at the Royal Women’s Hospital, Melbourne. The primary Hologic assay targeting 80bp region of 16s rRNA was compared to the in-house diagnostic assay which targets a 517bp region of 16S gene, as well as a second 16s rRNA target available on the Hologic platform. <h3>Results</h3> The comparison of the two targets available on the Hologic platform showed very high correlation (k = 0.97 95% CI 0.93–1.00). Comparison of primary Hologic assay to in-house 16S qPCR assay, also showed very good correlation (K = 0.84 95% CI 0.75–0.93). Overall, both primary and secondary Hologic assays on Panther were more sensitive than the 16S qPCR for detection of <i>M. genitalium</i> in urine specimens. <h3>Conclusion</h3> The <i>M. genitalium</i> assay on the Hologic platform integrated well with the laboratory procedures allowing rapid testing and possibility of rapid and accurate reporting using integration with laboratory information system. Overall the Hologic assay for detection of <i>M. genitalium</i> offers a simple, accurate and sensitive platform for diagnostic laboratories for detection of this important upcoming pathogen. <h3>Disclosure of interest statement</h3> Hologic supplied the diagnostic kits and the Panther platform to conduct this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».