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Enregistrement W2411039126 · doi:10.3390/cancers8060055

RASSF1A Site-Specific Methylation Hotspots in Cancer and Correlation with RASSF1C and MOAP-1

2016· article· en· W2411039126 sur OpenAlexaff
Natalia Volodko, Mohamed Salla, Alaa Zare, El-Arbi Abulghasem, Krista M. Vincent, Matthew G.K. Benesch, Todd McMullen, Oliver F. Bathe, Lynne‐Marie Postovit, Shairaz Baksh

Notice bibliographique

RevueCancers · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensWomen and Children’s Health Research InstituteUniversity of CalgaryUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesCancer Research UK
Mots-clésCpG siteEpigeneticsMethylationGene silencingBiologyDNA methylationCancer researchMolecular biologyGene expressionGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Epigenetic silencing of RASSF1A is frequently observed in numerous cancers and has been previously reported. The promoter region of RASSF1A is predicted to have 75 CpG sites, and very few studies demonstrate how the methylation of these sites affects expression. In addition, the expression relationship between RASSF1A and its downstream target, modulator of apoptosis 1 (MOAP-1), is poorly understood. In this study, we have explored the mRNA expression of RASSF1A, MOAP-1 and the well-characterized splice variant of RASSF1, RASSF1C, in cancer cell lines and primary tumors. We confirmed that the RASSF1A promoter is robustly methylated within a 32-CpG region in solid tumors and results in lower mRNA expression. The MOAP-1 promoter contains ~110 CpG sites, but was not found to be methylated in cancer cell lines when 19 predicted CpG sites were explored. Interestingly, MOAP-1 mRNA expression positively correlated with RASSF1A expression in numerous cancers, whereas RASSF1C expression remained the same or was increased in cell lines or tissues with epigenetic loss of RASSF1A. We speculate that MOAP-1 and RASSF1A may be more intimately connected than originally thought, and the expression of both are warranted in experimental designs exploring the biology of the RASSF1A/MOAP-1 molecular pathway.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,452
Score d'incertitude au seuil0,288

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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