Evidence for a quadruplex structure in the polymorphic hs1.2 enhancer of the immunoglobulin heavy chain 3’ regulatory regions and its conservation in mammals
Notice bibliographique
Résumé
Regulatory regions in the genome can act through a variety of mechanisms that range from the occurrence of histone modifications to the presence of protein-binding loci for self-annealing sequences. The final result is often the induction of a conformational change of the DNA double helix, which alters the accessibility of a region to transcription factors and consequently gene expression. A ∼300 kb regulatory region on chromosome 14 at the 3' end (3'RR) of immunoglobulin (Ig) heavy-chain genes shows very peculiar features, conserved in mammals, including enhancers and transcription factor binding sites. In primates, the 3'RR is present in two copies, both having a central enhancer named hs1.2. We previously demonstrated the association between different hs1.2 alleles and Ig plasma levels in immunopathology. Here, we present the analysis of a putative G-quadruplex structure (tetraplex) consensus site embedded in a variable number tandem repeat (one to four copies) of hs1.2 that is a distinctive element among the enhancer alleles, and an investigation of its three-dimensional structure using bioinformatics and spectroscopic approaches. We suggest that both the role of the enhancer and the alternative effect of the hs1.2 alleles may be achieved through their peculiar three-dimensional-conformational rearrangement. © 2016 Wiley Periodicals, Inc. Biopolymers 105: 768-778, 2016.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».