Extracting DNA Demethylase Activity from Mammalian Cells
Notice bibliographique
Résumé
Purification of an enzymatic activity requires a simple and relatively expeditious assay of its activity. However, the nature of the demethylase reaction has been elusive for decades. Although a large body of evidence supported the hypothesis that active demethylation takes place during development and differentiation (), the nature of the reaction was unknown. The main problem with understanding demethylaion of DNA is that true demethylation of DNA would involve cleavage of a stable carbon-carbon bond, which had been considered highly unlikely. Different laboratories have suggested that demethylation of DNA is accomplished by different repair mechanisms. These alternative routes involve either a cleavage of the bond between the methylated cytosine base and the deoxyribose () or nucleotide excision () (Fig. 1). We have recently shown that mamMalian cancer-cell lines bear a bona fide demethylase activity and we defined the reactants and products of the demethylation reaction. The demethylation reaction involves the hydrolytic cleavage of the bond between the methyl-carbon and the carbon at the 5 position of the cytosine ring (Fig. 1 and Fig. 2) producing unmethylated cytosine while the methyl group is released as methanol (). Open image in new window Fig. 1. Possible demethylation mechanisms. The figures shows a methylated CpG dinucleotide. DNA could be demethylated either directly or indirectly. Indirect demethylation might involve either removing the methyl-C base by a glycosylase or removing the methyl-CpG dinucleotide by a nucleotide excision mechanism. The possible cleavage points are indicated. The damaged DNA is repaired by the repair machinery, introducing unmethylated cytosines into the damaged region. Alternatively, the methyl group per se could be removed by cleavage of the carbon-carbon bond between the carbon at the 5′ position of cytosine and the methyl group. The methyl group leaves as a volatile residue. Open image in new window Fig. 2. The direct demethylation reaction. As shown in ref. the methyl residue in methylated cytosine can react with water in a reaction catalyzed by the demethylase enzyme to form methanol and nonmethylated cytosines.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».