Whole Genome Sequencing demonstrates that Geographic Variation of Escherichia coli O157 Genotypes Dominates Host Association
Notice bibliographique
Résumé
Genetic variation in an infectious disease pathogen can be driven by ecological niche dissimilarities arising from different host species and different geographical locations. Whole genome sequencing was used to compare E. coli O157 isolates from host reservoirs (cattle and sheep) from Scotland and to compare genetic variation of isolates (human, animal, environmental/food) obtained from Scotland, New Zealand, Netherlands, Canada and the USA. Nei's genetic distance calculated from core genome single nucleotide polymorphisms (SNPs) demonstrated that the animal isolates were from the same population. Investigation of the Shiga toxin bacteriophage and their insertion sites (SBI typing) revealed that cattle and sheep isolates had statistically indistinguishable rarefaction profiles, diversity and genotypes. In contrast, isolates from different countries exhibited significant differences in Nei's genetic distance and SBI typing. Hence, after successful international transmission, which has occurred on multiple occasions, local genetic variation occurs, resulting in a global patchwork of continental and trans-continental phylogeographic clades. These findings are important for three reasons: first, understanding transmission and evolution of infectious diseases associated with multiple host reservoirs and multi-geographic locations; second, highlighting the relevance of the sheep reservoir when considering farm based interventions; and third, improving our understanding of why human disease incidence varies across the world.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».