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Enregistrement W2442181867 · doi:10.1093/neuonc/now073.67

HG-71ULTRA-SENSITIVE DETECTION OF HOTSPOT MUTATIONS IN PEDIATRIC THALAMIC TUMOURS TO REVEAL NEGATIVE PROGNOSTIC MARKERS

2016· article· en· W2442181867 sur OpenAlexaff
Scott Ryall, Anthony Arnoldo, Pawel Buczkowicz, Matthew Mistry, Rahul Krishnatry, Josh Rubin, Paul Steinbok, Uri Tabori, Cynthia Hawkins

Notice bibliographique

RevueNeuro-Oncology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBladder and Urothelial Cancer Treatments
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaHospital for Sick ChildrenBC Children's HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHotspot (geology)BiologyMedicineComputational biologyGeneticsGeology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pediatric gliomas are the most commonly diagnosed brain cancer in children. Despite accounting for only 5% of pediatric brain neoplasms, gliomas arising in the thalamus present a significant challenge for treating physicians. We collected a population-based cohort of 66 radiologically confirmed thalamic tumours with long-term follow-up. No bi-thalamic cases were included. On central review, the cohort consisted of 43 low grade astrocytomas (LGA) and 23 high grade astrocytomas (HGA). Genomic alterations were characterized using newly optimized digital droplet and nanoString assays. Five (12%) LGAs and eleven (48%) HGAs tested positive for H3-K27M. Kaplan-Meier analysis revealed significantly worse survival of thalamic glioma patients harbouring the H3-K27M mutation versus wild type samples (log rank p < 0.001) with a median survival of 1.02 vs. 9.12 years, respectively. When separated by histologic grade, H3-K27M status remained a prognostic marker in LGA (p < 0.0001), but failed to maintain statistical significance in the HGA cohort (p = 0.0599). BRAF-V600E and BRAF-Fusion events were detected in 10 and 14 patients respectively. Interestingly, tumours with BRAF-fusion events showed robust survival, with no patients succumbing to their disease (median follow-up 11.5 years). Multivariate analysis demonstrated H3-K27M status and histology to be the most significant predictors of survival with hazard ratios of 8.7 and 12.7 (P < 0.001), respectively. This work substantiates the need for H3-K27M testing in conjunction with histological grading in dictating appropriate diagnosis. Further, we show that low grade malignancies harbouring H3-K27M mutations represent a newly identified subset of thalamic tumours with a unique survival pattern when compared to low grade H3-WT cases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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