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Enregistrement W2444465672 · doi:10.1101/059311

The genetic structure of the world’s first farmers

2016· preprint· en· W2444465672 sur OpenAlexaff
Iosif Lazaridis, Dani Nadel, Gary O. Rollefson, Deborah C. Merrett, Nadin Rohland, Swapan Mallick, Daniel Fernandes, Mario Novak, Beatriz Gamarra, Kendra Sirak, Sarah Connell, Kristin Stewardson, Éadaoin Harney, Qiaomei Fu, Gloria G. Fortes, Songül Alpaslan Roodenberg, György Lengyel, Fanny Bocquentin, Boris Gasparian, Janet Monge, Michael W. Gregg, Vered Eshed, Ahuva-Sivan Mizrahi, Christopher Meiklejohn, Fokke Gerritsen, Luminița Bejenaru, Matthias Blueher, Archie Campbell, Gianpero Cavalleri, David Comas, Philippe Froguel, Edmund Gilbert, Shona M. Kerr, Péter Kovács, Johannes Krause, Darren McGettigan, Michaël Merrigan, D. Andrew Merriwether, Seamus O’Reilly, Martin Richards, Ornella Semino, Michel Shamoon‐Pour, Gheorghe Ştefănescu, Michael Stümvoll, Anke Tönjes, Antonio Torroni, James F. Wilson, Loïc Yengo, Nelli Hovhannisyan, Nick Patterson, Ron Pinhasi, David Reich

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueForensic and Genetic Research
Établissements canadiensUniversity of WinnipegSimon Fraser University
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthUniversità degli Studi di PaviaChinese Academy of SciencesNational Geographic SocietyBundesministerium für Bildung und ForschungIrish Research CouncilDeutsche ForschungsgemeinschaftChief Scientist Office, Scottish Government Health and Social Care DirectorateWenner-Gren FoundationLeverhulme TrustScottish Funding CouncilMinistero dell’Istruzione, dell’Università e della RicercaScottish GovernmentNational Natural Science Foundation of ChinaIrish Research Council for the Humanities and Social SciencesNational Science Foundation
Mots-clésPastoralismSteppeGeographyNeanderthalSouthern LevantBronze AgeAncient DNALineage (genetic)Middle EastArchaeologyAncient historyLivestockHistoryBiologyDemographyPopulationForestry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We report genome-wide ancient DNA from 44 ancient Near Easterners ranging in time between ~12,000-1,400 BCE, from Natufian hunter-gatherers to Bronze Age farmers. We show that the earliest populations of the Near East derived around half their ancestry from a ‘Basal Eurasian’ lineage that had little if any Neanderthal admixture and that separated from other non-African lineages prior to their separation from each other. The first farmers of the southern Levant (Israel and Jordan) and Zagros Mountains (Iran) were strongly genetically differentiated, and each descended from local hunter-gatherers. By the time of the Bronze Age, these two populations and Anatolian-related farmers had mixed with each other and with the hunter-gatherers of Europe to drastically reduce genetic differentiation. The impact of the Near Eastern farmers extended beyond the Near East: farmers related to those of Anatolia spread westward into Europe; farmers related to those of the Levant spread southward into East Africa; farmers related to those from Iran spread northward into the Eurasian steppe; and people related to both the early farmers of Iran and to the pastoralists of the Eurasian steppe spread eastward into South Asia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,193
Score d'incertitude au seuil0,857

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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