Abstracts from the 3rd International Genomic Medicine Conference (3rd IGMC 2015)
Notice bibliographique
Résumé
The ends of linear chromosomes are called telomeres that resemble broken DNA.However, the telomeres are protected from the DNA damage responses due to the formation of a looping structure (Tloop) and by "capping" the telomeres with a series of shelterin proteins.It is generally thought the main, if not only, function of telomeres is protection from DNA damage responses.When telomeres get very short due to normal replicative aging, cells stop dividing due to loss of the telomere end protective functions.We have previously reported that telomeres may also have additional functions in human cells.Telomeres are characterized by a distinct chromatin structure with spreading of heterochromatin into the subtelomeric regions, but little is known about the chromatin conformation of human telomeres.We have previously shown, using a luciferase reporter introduced into telomeres, that there is a 10-fold decreased expression of the reporter compared to the reporter introduced into internal genomic loci.This phenomenon is known as Telomere Position Effects (TPE).We have also found that a human gene, interferon stimulating gene 15 (ISG15), (~1 M base pairs from the 1p36.33 telomere) is silenced in young cells with long telomerase, upregulated in cells with short telomeres and silenced again in old cells with experimentally hTERT (telomerase) elongated telomeres.However, we observed genes between ISG15 and the telomere are not regulated by classic telomere position effects (TPE).To distinguish this type of telomere length dependent regulation of gene expression from classic TPE, we have termed this type of regulation Telomere Position Effects Over Long Distances (TPE-OLD).We discovered using 3D co-FISH and a modification of Hi-C (chromosome capture followed by high-throughput sequencing), that there are a significant number of genes within the first 10 M bases distal to the telomere on many chromosomes regulated by telomere length with genes closer to the telomere not being regulated by TPE.O2
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,236 | 0,126 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».