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Enregistrement W2488520970 · doi:10.1021/bk-2012-1093.ch011

Nontargeted Profiling of Specialized Metabolites of<i>Digitalis purpurea</i>with a Focus on Cardiac Glycosides

2012· book-chapter· en· W2488520970 sur OpenAlexaff
Farzad Shadkami, A. Daniel Jones

Notice bibliographique

RevueACS symposium series · 2012
Typebook-chapter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePhytochemical Studies and Bioactivities
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institutes of Health
Mots-clésChemistryMetaboliteMetabolite profilingGlycosideMass spectrometryDigitoxinMetabolomicsChromatographyTriple quadrupole mass spectrometerTandem mass spectrometryBiochemistryStereochemistrySelected reaction monitoringMedicineHeart failure

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

There is an urgent need to develop rapid and powerful tools for structural annotation and natural product identification to support the discovery of genes involved in specialized metabolite accumulation. In this study, nontargeted profiling of metabolites from tissues of the medicinal plant Digitalis purpurea was exploited. Application of liquid chromatography/time-of-flight mass spectrometry (LC-TOF MS) with multiplexed collision-induced dissociation (CID) generated molecular and fragment ion masses to support metabolite identification. Twenty-nine metabolites extracted from various tissues were annotated as steroidal glycosides, on the basis of mass measurements of pseudomolecular and fragment ions in conjunction with previous reports of steroidal glycosides in Digitalis tissues. The MS/MS spectra obtained by hybrid triple quadrupole-linear ion trap (QTrap) MS were complemented by accurate pseudomolecular mass measurements generated with TOF MS and fragment ion masses generated by quasi-simultaneous collision voltage. These combined methods permitted the metabolite profiling of cardiac glycosides and the tentative identification of a novel cardiac glycoside.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,802
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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